AMD y su socio de tecnología Penguin Computing Inc., anunciaron que la Universidad de Nueva York (NYU, por sus siglas en inglés), el Instituto Tecnológico de Massachusetts (MIT, por sus siglas en inglés) y la Universidad Rice son las primeras universidades seleccionadas para recibir sistemas de cómputo de alto rendimiento impulsados completamente por tecnología AMD, otorgados desde el fondo de cómputo de alto rendimiento de AMD para la investigación del COVID-19. AMD también anunció que contribuirá a la creación de un sistema basado en la nube que será impulsado por procesadores AMD EPYC y AMD Radeon Instinct instalados en sitio en Penguin Computing, brindando capacidades remotas de supercomputación para determinados investigadores alrededor del mundo. Combinados, los sistemas donados brindarán a los investigadores más de siete petaflops de poder de cómputo aplicados para combatir el COVID-19.
“Las tecnologías de cómputo de alto rendimiento juegan un papel crítico en la investigación viral moderna, profundizando nuestro entendimiento de cómo funcionan ciertos virus y acelerando el desarrollo de posibles terapias y vacunas”, dijo Lisa Su, presidenta y CEO de AMD. “Tanto AMD como nuestros socios de tecnología estamos orgullosos de poder entregar a investigadores alrededor del mundo estos nuevos sistemas que aumentarán la capacidad de cómputo disponible para combatir al COVID-19 y sustentar el futuro de la investigación médica”.
Se espera que las universidades elegidas utilicen estas nuevas capacidades de cómputo a través de una amplia variedad de cargas de trabajo relacionadas con la pandemia, incluyendo la genómica, el desarrollo de vacunas, ciencia de contagio y modelado. Adicionalmente, científicos de todo el mundo conduciendo investigaciones sobre el COVID-19 pueden solicitar acceso al sistema HPC remoto impulsado por AMD en Penguin Computing, pueden postular sus proyectos en COVID-19HPC@amd.com.
Vinculación con universidades
Las universidades seleccionadas están preparando sus planes de investigación y la infraestructura necesaria para recibir los sistemas, incluyendo proyectos de investigación específicos que puedan tener impacto inmediato o a largo plazo.
NYU
“La pandemia del COVID-19 ha tenido un profundo impacto en la investigación académica de educación superior, tanto en términos de dirección como en la necesidad de conseguir resultados inmediatos, por lo que el momento en que llega esta donación es particularmente afortunado y estamos muy agradecidos con AMD”, mencionó Russel Caflisch, director del Instituto Courant de Ciencias Matemáticas de la NYU. “Los recursos de cómputo donados por AMD serán utilizados por investigadores de la NYU en una gran variedad de disciplinas y proyectos para identificar las múltiples e importantes facetas de la crisis del COVID-19, incluyendo: descubrimiento de medicamentos terapéuticos para el tratamiento del COVID-19 y futuras mutaciones del virus SARS, recuperación de resultados de investigación relevantes desde la biblioteca de recursos biomédicos, análisis de imagenología médica en el diagnóstico de pacientes, así como el análisis de actitudes políticas y comportamiento de votantes en respuesta a los desafíos financieros”.
MIT
«En todo el MIT estamos comprometidos en trabajar para atender la pandemia global del COVID-19, desde acciones de impacto inmediato, como modelado, pruebas y tratamiento, hasta proyectos de mediano y largo plazo, como el descubrimiento de terapias y vacunas. Prácticamente todo este trabajo involucra la computación, y la mayoría requiere el tipo de sistemas de cómputo de alto desempeño que AMD nos está brindando generosamente con esta donación de una máquina con capacidad Petaflop», observó Daniel Huttenlocher, decano del Colegio Schwarzman de Cómputo en el MIT.
Rice
En el Centro de Físico-Biología Teórica, el investigador de Rice, José Onuchic, está usando sus estudios previos sobre la influenza A como una guía para explorar cómo la superficie proteínica del coronavirus facilita la entrada a las células humanas, un primer paso crítico de infección. Otro científico, Peter Wolynes, está usando principios de sus teorías fundacionales del despliegue de proteínas para visualizar miles de moléculas de fármacos e identificar los mejores candidatos para pruebas clínicas basados en qué tan bien se enlazan a la superficie proteínica del virus.
«La donación de AMD será realmente transformadora para el ataque computacional de Rice contra el COVID-19», indicó Peter Rossky, decano de la escuela de Ciencias Naturales Wiess en la Universidad Rice. «Tenemos los métodos para avanzar, pero el estudio de sistemas grandes y complejos están a la vanguardia de los alcances computacionales disponibles. La contribución de AMD con un sistema innovador y dedicado de poder computacional podría cambiar el juego a nuestro favor al acelerar el progreso en la derrota de este virus».
Ecosistema de socios AMD
AMD se ha unido con la reconocida firma de HPC y soluciones de IA Penguin Computing para definir, construir y entregar sistemas locales y el clúster on-demand de Penguin (POD, por sus siglas en inglés), impulsado por AMD. El POD de Penguin Computing estará instalado en un espacio de centro de datos donado por DataBank. Las contribuciones de Penguin Computing, NVIDIA, Gigabyte y otros están ayudando el avance del Fondo HPC de AMD para avanzar en la investigación del COVID-19.
“Penguin Computing espera apoyar y contribuir a los esfuerzos de investigación del COVID-19 a través de su colaboración con AMD. Estamos comprometidos a brindar nuestras aplicaciones y experiencia tecnológica en cómputo de alto rendimiento, inteligencia artificial y analítica de datos tanto para los sistemas instalados en universidades como en los ecosistemas de nube de nuestro POD remoto”, dijo Sid Mair, presidente de Penguin Computing Inc.
“Las velocidades ultra rápidas de transferencia de datos y el procesamiento inteligente son elementos clave para entregar los resultados que requiere la ciencia, en particular durante estos momentos desafiantes”, acotó Gilad Shainer, vicepresidente senior de marketing para Mellanox networking en NVIDIA. “Las soluciones de NVIDIA Mellanox HDR 200 gigabit InfiniBand proporcionan una gran conectividad de datos, latencia extremadamente baja y motores de descarga de aplicaciones que aceleran las simulaciones bio-científicas y llevan más allá el desarrollo de tratamientos contra el coronavirus”.
Gigabyte está proporcionando sus nodos de cómputo G290-Z21 para los clústeres de Penguin, construidos alrededor de un procesador sencillo de 48-núcleos AMD EPYC 7642 emparejado con ocho aceleradores gráficos Radeon Instinct MI50. El sistema de administración de nodos R182-291, también de Gigabyte, cada uno utiliza dos procesadores de 16-núcleos, AMD EPYC 7302.
El compromiso de AMD a la investigación COVID-19
El fondo HPC de AMD para el COVID-19 se estableció para proveer a las instituciones de investigación con los recursos de cómputo necesarios para acelerar la investigación médica sobre el COVID-19 y otras enfermedades. Además de la donación inicial de $15 millones de dólares en sistemas de cómputo de alto desempeño, AMD ha contribuido con recursos técnicos y tecnológicos que casi duplican el sistema insignia “Corona” en el Laboratorio Nacional Lawrence Livermore que se está utilizando para brindar poder de cómputo adicional para modelado molecular en apoyo a la investigación del COVID-19.
